卫生监测科的主要工作分为放射卫生、职业卫生、学校卫生、食品卫生、环境卫生和消毒与病媒生物控制等，下设放射卫生防护所。其具体工作职责为：

一、放射卫生
　　•　放射性本底监测
　　•　放射性核素分析监测
　　•　核设施放射防护监测
　　•　放射工作人员健康监护
　　•　放射工作人员个人剂量监测

二、职业卫生
　　•　职业性健康监护
　　•　职业病诊断
　　•　职业危害因素技术服务
　　•　急性职业中毒的案件现场调查及处理

三、食品卫生
　　•　人群膳食营养调查、公共营养监测
　　•　食品卫生监测
　　•　食品污染事故调查（突发性事物中毒调查）
　　•　食品卫生学评价
　　•　饮食服务行业健康检查

四、环境卫生
　　•　环境危害因素卫生监测
　　•　城镇集中式供水的卫生监测
　　•　医院污水处理卫生监测
　　•　化妆品卫生监测
　　•　公共场所危害因素监测
　　•　室内环境危害因素监测
　　•　其他环境危害因素监测
　　•　环境污染事故的调查处理

五、学校卫生
　　•　学生预防保健监测
　　•　学生学习生活环境的卫生监测
　　•　学校建设项目的预防性卫生评价
　　•　学生常见病预防与管理

六、 消毒与病媒生物控制
　　•　四害密度监测
　　•　病媒生物的种群密度与消长调查
　　•　医疗机构消毒质量与感染因素监测
　　•　幼托机构消毒质量监测
　　•　医疗卫生用品行业生产环境监测及效果评价
　　•　疫源地消毒质量监测
　　•　感染控制重点行业预防性消毒质量监测与效果评价
　　•　消毒与病媒生物防制的技术指导与效果评价
　　•　消毒与病媒生物防制业务培训